A Universidade Federal Rural de Pernambuco, na busca da qualidade das ações educacionais e na perspectiva de consolidar as políticas de gestão estudantil, criou no Reitorado do Prof. Valmar Corrêa de Andrade, através da Resolução Nº. 185/2006 do Conselho Universitário de dois de agosto de 2006, a PRÓ-REITORIA DE GESTÃO ESTUDANTIL - PROGEST, tendo como primeiro Pró-Reitor o professor Valberes Bernardo do Nascimento. Nesta ocasião foram extintos o Departamento de Assistência Estudantil - DAE e o Núcleo de Educação Física e Desportos - NEFD, cujas atividades foram incorporadas à PROGEST através de Coordenações Específicas.
A PROGEST foi estruturada fisicamente, a título provisório, aproveitando as instalações da extinta Pró-Reitoria dos Campi Avançados – PROCAMPI, onde foram locados o Gabinete do Pró-Reitor, a Coordenação de Ações Afirmativas de Permanência – CAAP, a Secretaria Geral e a secretaria da CAAP. Nas antigas instalações do extinto DAE foram instaladas as Coordenações de Apoio Psicossocial – COAP e de Gestão de Alimentação e Residência Universitária – CGARU, além das respectivas secretarias, almoxarifados e sala guarda-becas. A Coordenação de Educação Física, Desporto e Lazer – CEFIL foi instalada no espaço físico do extinto Núcleo de Educação Física e Desportos.
A estrutura de pessoal da PROGEST foi composta inicialmente por técnicos administrativos e Professores dos extintos DAE e NEFD, além de agregar mais dois Professores na equipe.
Os trabalhos iniciais da PROGEST voltaram-se, principalmente, para elaboração de programas e minutas de resolução para criar inovações na gestão estudantil, especialmente para um programa de concessão de bolsas de permanência para os alunos de graduação da instituição.Paralelamente, efetuou-se imediatamente um forte investimento na recuperação da infra-estrutura física das quatro residências estudantis do campus de Dois Irmãos e na confecção de uma home-page para garantir ampla divulgação de todas as ações da Pró-Reitoria e das oportunidades que a UFRPE oferece aos seus alunos de graduação.
Em adição, já em seus primeiros meses a PROGEST incrementou significativamente o número de bolsas de permanência concedidas aos estudantes, além de proporcionar ajuda de custo para estágio curricular, práticas de ensino, apresentação de trabalhos científicos e participação em congressos e eventos congêneres, entre outras várias ações.